Os Centros de Apoio Operacional são Órgãos Auxiliares da atividade funcional do Ministério Público, competindo-lhes estimular a integração e o intercâmbio entre os órgãos de execução que atuem na mesma área de atividade e que tenham atribuições comuns; remeter informações técnico-jurídicas, sem caráter vinculativo, aos órgão ligados à sua atividade; estabelecer intercâmbio permanente com entidades ou órgão públicos ou privados que atuem em áreas afins, para obtenção de elementos técnicos especializados necessários ao desempenho de suas funções; remeter, anualmente, ao Procurador-Geral de Justiça, relatório das atividades do Ministério Público, relativas às suas atribuições; exercer outras funções compatíveis com suas finalidades, vedado o exercício de qualquer atividade de órgão de execução, bem como a expedição de atos normativos a estes dirigidos.
O Ministério Público do Ceará possui os seguintes Centros de Apoio Operacional: